MODALIDAD ASINCRÓNICA
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MODALIDAD SINCRÓNICA
Para que el Gym-Modalidad Sincrónica se lleve a cabo y puedas disfrutar de una experiencia en tiempo real con el instructor. Necesitamos un mínimo de 15 inscritos para abrir el Gym y así brindarte esta experiencia única.
¡Inscríbete ahora y asegúrate de que el Gym se aperture!
Del 01 -26 de Septiembre
- Lunes
- Miércoles
- Viernes
- 16 – 18 hrs Mex
- 17 – 19 hrs Per, Col, Ecu
- 19 – 21 hrs Arg, Chi
- 00 – 02 hrs Esp, Ale
- Interacción en tiempo real con los instructores.
- Resolución instantánea de preguntas y dudas.
- Networking con profesionales y estudiantes del sector.
- 20% de descuento para los primeros 10 inscritos.
BioScience-App Instituto Latinoamericano de Bioinformática y Biotecnología (BILBB) garantiza la correcta ejecución de los gimnasios bioinformáticos ofrecidos. Sin embargo, se reserva el derecho de cancelar o reprogramar un curso en caso de fuerza mayor, causas logísticas o cualquier circunstancia que impida su realización conforme a lo previsto.
En caso de cancelación definitiva del curso, BILBB procederá al reembolso del 100% del monto abonado por concepto de inscripción, dentro de un plazo máximo de 10 días hábiles. El participante no asumirá costo adicional alguno y quedará libre de compromisos posteriores.
La inscripción implica la aceptación de estas condiciones.
Inscripciones ABIERTAS
Gym | Análisis Metagenómico
El análisis bioinformático metagenómico es crucial hoy en día, ya que permite explorar la diversidad microbiana en diferentes entornos sin necesidad de cultivo. Esto facilita la identificación de patógenos, el estudio de resistencias antimicrobianas y la comprensión de los ecosistemas microbianos, impactando positivamente en la salud humana, la agricultura y el medio ambiente.
INFORMACIÓN DEL CURSO:
- Nivel: Introductorio
- Duración: +24 Hrs guiadas
- Duración: +48 Hrs ejercicios
- Online y a tu ritmo
- 07 tópicos de aprendizaje
- Certificado
- Grupo privado de alumnos
Realizaremos cuatro ejercicios con datos metagenómicos
¿Qué aprenderás en este Gym?
Accederás a tutoriales de expertos para llavar tus habilildades de análisis metagenómico al siguiente nivel
1.
Realizar análisis bioinformático con datos metagenómicos – shotgun sequencing
2.
Análisis de Calidad y Limpieza de archivos de secuenciación
3.
Alineamiento de lecturas al genoma de referencia y obtención de secuencias de organismos patógenos.
4.
Ensamble metagenómico y anotación funcional.
Clasificación taxonómica de contigs y lecturas, y búsqueda de patógenos mayoritarios
5.
Comparación con genomas de referencia para obtención de genomas de patógenos.
Búsqueda de genomas virales completos
TEMARIO COMPLETO
Plan del Gym
12 módulos
Ejercicio 1 - Metagenómica de Datos Clínicos de Humano | Búsqueda de Patógenos
Duración: 3 Sesiones
- Día y fecha referencial a sesiones sincrónicas
- Lunes 19 Ago
- Miércoles 21 Ago
- Viernes 23 Ago
Objetivo: Se analizarán muestras de infecciones oculares en humano con la finalidad de determinar el o los patógenos mayoritarios de cada muestra e intentar obtener genomas completos de los patógenos más abundantes. Finalmente se analizarán aquellos genes de interés (resistencia, virulencia, etc.) presentes en los patógenos.
- Análisis de Calidad y Limpieza de archivos de secuenciación.
- Alineamiento de lecturas al genoma de humano y obtención de secuencias de organismos patógenos.
- Ensamble metagenómico y anotación funcional.
- Clasificación taxonómica de contigs y lecturas, y búsqueda de patógenos mayoritarios.
- Comparación con genomas de referencia para obtención de genomas de patógenos.
- FASTQC
- TRIMMOMATICPage
- TRIM_GALORE
- METASPADES
- MEGAHIT
- FLYE
- METAPHLAN2
- KRAKEN 2
- IDBA_UD
- QUAST
- PROKKA
- KAIJU
- MaxBin Binning
Ejercicio 2 - Metagenómica de Datos Clínicos de Animales l Cerdo
Duración: 3 Sesiones
- Día y fecha referencial a sesiones sincrónicas
- Lunes 26 Ago
- Miércoles 28 Ago
- Viernes 30 Ago
Objetivo: Se analizarán dos muestras metagenómicas obtenidas de sangre de cerdo con la finalidad de determinar la presencia y obtener el genoma completo de los virus causantes de las distintas enfermedades. Finalmente se compararán los genomas obtenidos con los genomas virales de otras bases de datos.
- Análisis de Calidad y Limpieza de archivos de secuenciación.
- Alineamiento de lecturas al genoma de referencia (conejo y cerdo) y obtención de secuencias no alineadas.
- Ensamble metagenómico.
- Búsqueda de genomas virales completos.
- Alineamiento de lecturas a genomas virales de referencia.
Ejercicio 3 - Análisis de Lecturas Cortas y Lecturas Largas Para Hacer un Estudio Metagenómico del Agua
Duración: 3 Sesiones
- Día y fecha referencial a sesiones sincrónicas
- Lunes 02 Set
- Miércoles 04 Set
- Viernes 06 Set
Objetivo: Se analizarán tres diferentes técnicas de secuenciación de segunda y tercera generación (Illumina, Nanopore y Pacbio) para el estudio metagenómico del agua. Finalmente se va comparar que tecnología es mejor para la clasificación taxonómica, para obtener genomas completos o la combinación de que tecnologías permite obtener mejores resultados.
- Análisis de Calidad y Limpieza de archivos de secuenciación.
- Ensamble metagenómico para lecturas cortas con Illumina.
- Ensamble metagenómico para lecturas largas con Pacbio y Nanopore.
- Ensambles híbridos.
- Anotación funcional.
- Conocer la diversidad de las muestras de agua.
- Clusterización de contigs y lecturas por organismos.
- Clasificación taxonómica.
- Recuperación de genomas completos.
Ejercicio 4 - Metagenómica de Suelos | Análisis de Parásitos (Hongos), Patógenos (Bacterias) y otros organismos comunes de suelo.
Duración: 3 Sesiones
- Día y fecha referencial a sesiones sincrónicas
- Lunes 09 Set
- Miércoles 11 Set
- Viernes 13 Set
Objetivo: Se profundizará en el análisis y comparación de muestras de suelo de cultivo para determinar la presencia de patógenos y parásitos. Se emplearán distintas bases de datos para la clasificación taxonómica y se realizará la visualización de los resultados.
- Análisis de Calidad y Limpieza de archivos de secuenciación.
- Ensamble metagenómico.
- Clasificación taxonómica de contigs.
- Clasificación taxonómica de lecturas.
- Clasificación taxonómica de contigs y lecturas.
- Búsqueda de parásitos y patógenos mayoritarios.
- Visualización de resultados.
Modalidad del curso
Cursos teórico-práctico a tu ritmo
Video-tutoriales y otros recursos
Aprenderás +24 horas de video tutoriales grabados, lecturas, plantillas y ejercicios.
Acceso inmediato e ilimitado
Las clases no tienen vencimiento. Podrás cursar a tu ritmo y sin límites.
Soporte de especialistas
Nuestro equipo te ayudará a poner en práctica las lecciones.
Certificado
Podrás obtener un certificado de participación a tu nombre.
Requisitos previos
- Es deseable tener conocimiento nivel intermedio en el manejo de la línea de comandos en una terminal UNIX.
- Estar familiarizado con el mayor número de programas que se usarán en el Gym.
- No es necesario tener conocimiento en el desarrollo de script.
- Es deseable la familiaridad con los conceptos bioinformáticos en el análisis metagenómico shotgun.
- Estar familiarizado con los conceptos básicos de bioinformática, en especial análisis de secuencias.
Sesiones Sincrónicas:
- Los participantes deberán disponer de sus propios ordenadores con sistema operativo Linux, Windows o iOS.
- Conexión a Internet.
- Memoria RAM mínima de 4GB.
Sesiones Asincrónicas:
Los participantes deberán disponer de sus propios ordenadores.
Configuración Recomendada:
- Tener previamente instalado el programa Docker.
- Conexión a Internet.
- Memoria RAM: 32GB o más.
- Procesador: Intel Core i9 (o equivalente en AMD) con seis núcleos o más.
- Almacenamiento: 300GB SSD con alta velocidad de lectura/escritura.
- Sistema Operativo: Preferiblemente Linux; alternativamente Windows 10/11 o macOS
Sobre los programas a usar:
Clases sincrónicas: Harán uso del servidor de BILBB donde ya se tiene los programas previamente instalados.
Clases asincrónicas: Se tendrá dos opciones.
- Instalar los programas que se van a requerir localmente en su propio ordenador. En la plataforma Classroom encontrará un contenedor docker con los programas a usar.
- Solicitar el uso del servidor BILBB donde ya se tiene previamente instalado los programas necesarios para desarrollar el curso (Esta segunda opción tiene un cargo adicional y previa coordinación de horario de uso).
Preguntas
Frecuentes
Sí, te sugerimos revisar los requisitos previos para poder llevar el Gym. La información lo encuentras justo arriba de esta sección.
El contenido del Gym está en formato de lecturas y videos tutoriales.
Las clases sincrónicas se realizarán a través de Google Meet.
Todo el material de las clases tanto para la modalidad sincrónica y asincrónica estarán en la plataforma Classroom.
Sí, puedes abonar online con PayPal en dólares seleccionando el ícono de “USD” en tu carrito.
NO, el pago es único. Una vez que compres el Gym tendrás acceso a él por 6 meses o hasta una actualización del curso.
Modalidad sincrónica: Para obtener un certificado de participación respaldado por BILBB, se requiere la participación en al menos el 80% de las sesiones. Ofrecemos dos tipos de certificados:
- Certificado por 24hrs: Otorgado a aquellos que participen en todas las sesiones guiadas pero no completen los ejercicios asignados por el instructor.
- Certificado por 48hrs: Otorgado a aquellos que participen en al menos el 80% de las sesiones guiadas y entreguen los ejercicios resueltos asignados por el instructor.
Modalidad asincrónica: Para obtener un certificado de participación respaldado por BILBB, se requiere aprobar una evaluación, respondiendo correctamente al menos el 80% de las preguntas.
Solo se ofrece un tipo de certificado:
- Certificado por 24hrs: Otorgado a aquellos que completen todas las sesiones guiadas y que aprueben la evaluación.
Modalidad sincrónica: Tiene una duración de 04 semanas. Sin embargo, las grabaciones de las sesiones estarán disponibles por 06 meses.
El Gym tiene un aproximado de 24 horas de sesiones guiadas y 24 horas adicionales en las podrán acceder al servidor BILBB para que puedan resolver los ejercicios que deje el instructor.
Modalidad asincrónica: El gym tiene un aproximado de 24 horas de video. Por lo que depende de la velocidad en la que quieras avanzar. Tendrás disponible las grabaciones y todo el material por 06 meses.
Revisar los requisitos técnicos que se encuentra justo en la sección anterior de preguntas frecuentes.
Modalidad sincrónica: El Gym comienza y termina en las fechas previamente programadas.
Modalidad asincrónica: El contenido del Gym estará cargado en la fecha previamente programada para que lo veas cuando quieras. Puedes hacerlo las veces que quieras y a tu tiempo. Podrás ingresar al curso desde tu casa, oficina o cualquier lugar en el que tengas conexión a internet, las 24 horas del día.
Por una cuestión de derechos al autor no podrás descargar los vídeos, pero siempre podrás acceder a las lecciones desde cualquier dispositivo con conexión a Internet.
Te acompañaremos en casa paso del proceso a través de:
- La plataforma Classroom, donde pordrás escribirnos las dudas que tengas.
- Podrás revisar las consultas de tus compañeros y las respuestas que iremos colgando en la plataforma Classroom.
Una vez que hayas agregado el curso a tu carrito podrás elegir como pagarlo en dólares.
Dólares: El curso se paga una única vez a través de PayPal con tarjeta o dinero en cuenta.
Si te encuentras en Perú, podrás realizar el pago en efectivo en el banco InterBank, se te enviará el número de cuenta para que te puedas acercarte a una agencia bancaria.
Una vez que realices el pago se creará tu cuenta en BILBB, te llegará la contraseña a tu correo y podrás acceder inmediatamente a todas las lecciones desde tu cuenta.
El Gym es online y con soporte. Podrás ver el contenido cuando lo desees y consultar dudas por la plataforma Classroom de donde te encuentres.
Tenemos dos modalidades:
- Sincrónico
- Asincrónico
En ambos casos se tendrá 24 horas de ejercicios guiados y un tiempo de 24 horas para que cada participante pueda desarrollar los ejercicios adicionales que el instructor dejará como retos a desarrollar.
Modalidad sincrónica: NÓ, podrás acceder al servidor de BILBB donde ya se tiene previamente configurado los programas bioinformáticos para que puedas desarrollar el curso sin ningún contratiempo. Solo tienes que tener acceso a internet y un computador sin tanto recurso computacional.
Modalidad asincrónica: SÍ, previamente necesitarás instalar los programas que se usarán. En la plataforma Classroom tendrás un contenedor docker para que puedas instalar los programas necesarios para el curso. Te recomendamos revisar los requisitos técnicos que se muestran en la sección anterior (Antes de preguntas frecuentes).
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