Análisis de Expresión Diferencial de Genes
El análisis de expresión diferencial de genes (DEG) es una herramienta poderosa que nos permite entender cómo los genes son regulados y expresados bajo diferentes condiciones, tejidos o etapas de desarrollo, así cómo estos cambios pueden afectar la función celular y el desarrollo de organismos.
INFORMACIÓN DEL CURSO:
- Nivel: Introductorio
- Duración: +10 horas
- Online y a tu ritmo
- 07 tópicos de aprendizaje
- Certificado
- Grupo privado de alumnos
Analizaremos una línea celular tumoral
En este curso cubriremos el proceso completo desde la descarga de datos crudos de secuenciación hasta la identificación y el análisis de enriquecimiento de genes diferencialmente expresados. Nos centraremos principalmente en el análisis de células de neuroblastoma, una línea celular tumoral, sometida a tratamientos con dos agentes farmacológicos distintos que influyen en la regulación del ciclo celular.
¿Qué aprenderás en este curso?
Accederás a turoriales de expertos para llavar tus habilildades de análisis de expresión diferencial de genes al siguiente nivel
1.
Los fundamentos teóricos del RNA-Seq
2.
El manejo de los paquetes de R y programas de linux especializados para este tipo de análisis
3.
Cómo realizar por tu cuenta el análisis de expresión diferencial de genes
4.
La creación de gráficos típicos de estos análisis (heatmaps, volcano plots, análisis de enriquecimiento en KEGG y GO)
5.
La lectura y escritura de códigos base para trabajar en tus propios análisis
TEMARIO COMPLETO
Plan de estudio
26 lecciones
en
5 módulos
- Fundamentación teórica de tecnología de secuenciación de última generación
- Descripción general del método de secuenciación por síntesis.
- Workflow para la obtención final de número de lecturas asignada a cada gen.
Repositorios públicos: de dónde bajar y a dónde subir datos.
- Manejo de funciones básicas.
- Definición de
variables. - Descripción de los distintos tipos
de objetos (vectores, matrices, data frame). - Utilización de funciones de ayuda de R.
- Recomendaciones para escritura de scripts.
- Descarga de un dataset de trabajo de neuroblastoma desde GEO.
- Análisis de control de calidad de las
secuenciación en R usando fastqcr.
Presentación de MultiQC. - Trimming de las secuencias.
- Descarga del genoma de referencia.
- Descarga del index del genoma.
- Alineamiento de las secuencias al genoma de referencia.
- obtención
de la tabla de cuentas de genes.
- Volcano plot.
- Heatmap.
- Obtención de la vías metabólicas.
- Obtención de funciones celulares enriquecidas.
- Presentación de gProfiler.
- Gráfico de vías metabólicas de KEGG.
- Gráfica de GO.
Modalidad del curso
Cursos teórico-práctico a tu ritmo
Video-tutoriales y otros recursos
Aprenderás +8 horas de video tutoriales grabados, lecturas, plantillas y ejercicios.
Acceso inmediato e ilimitado
Las clases no tienen vencimiento. Podrás cursar a tu ritmo y sin límites.
Soporte de especialistas
Nuestro equipo te ayudará a poner en práctica las lecciones.
Certificado
Podrás obtener un certificado de participación a tu nombre.
Requisitos previos
Los participantes deberán tener conocimientos en técnicas NGS, control de calidad y alineación con un genoma de referencia. Los participantes deben tener conocimientos básicos sobre cómo trabajar con herramientas de línea de comandos en sistemas basados en Unix. Puedes poner a prueba tus habilidades con Unix con el cuestionario aquí . Si no se siente cómodo con los comandos de UNIX, realice nuestro módulo de aprendizaje electrónico sobre fundamentos de Unix .
Los participantes deberán disponer de sus propios ordenadores.
Preguntas
Frecuentes
No, no necesitás tener ningún conocimiento previo para realizar las tareas de este curso. Únicamente una computadora con acceso a Internet.
Por una cuestión de derechos al autor no podrás descargar los vídeos, pero siempre podrás acceder a las lecciones desde cualquier dispositivo con conexión a Internet.
Valoraciones
No hay valoraciones aún.