¿Qué aprenderás en este curso?
Accederás a tutoriales de expertos para llevar tus habilidades de análisis y visualización de estructuras 3D de proteínas al siguiente nivel
1.
Manipular estructuras 3D de proteínas con PyMOL, desde visualización básica hasta crear imágenes publicables.
2.
Analizar interacciones moleculares clave (puentes de hidrógeno, hidrofobicidad) usando herramientas como Protein Contacts Atlas.
3.
Evaluar el impacto de mutaciones en la estabilidad y función de proteínas con FoldX y VarSite.
4.
Procesar datos genómicos (archivos VCF) para filtrar mutaciones patogénicas y anotarlas con VEP y G2P.
5.
Automatizar análisis con scripts en R, generando resultados reproducibles para tus proyectos o publicaciones.
TEMARIO COMPLETO
Plan de estudio
26 lecciones
en
5 módulos
- Introducción a los targets terapéuticos.
- Conceptos básicos de estructura de proteínas.
- Herramientas bioinformáticas para la visualización y análisis de proteínas.
Exploración inicial de la herramienta PyMOL.
Carga y manipulación básica de estructuras proteicas.
Análisis de estructura secundaria y loops.
Análisis de motivos estructurales y funcionales.
Análisis de estructura supersecundarias, terciarias y cuaternarias.
Análisis de interacciones Proteína-Proteína.
- Caso de estudio.
- Preguntas fundamentales sobre la estructura HER2.
- Reconstrucción estructural de HER2 a partir de dominios parciales.
- Mapeo de dominios estructurales y funcionales en HER2.
- Análisis de cavidades/bolsillos de unión en HER2.
- Análisis de interacciones HER2-Trastuzumab | Aminoácidos de contacto clave.
- Análisis de interacciones pi-pi y cation-pi en el complejo HER2-Trastuzumab.
- Generación de imagen de alta calidad.
- Creación de video (Resumen de los análisis realizados).
- Protein Contacts Atlas.
- Representación visual de interacciones o contactos entre los residuos.
- Interacciones que involucran diferentes cadenas.
- Interacciones cercanas entre el ligando y diferentes residuos de la proteína.
- Mutagénesis dirigida in-silico.
- Análisis de contactos de proteína mutada con Protein Contacts Atlas.
- Discusión de resultados.
- Frustratometer para el estudio de estabilidad estructural.
- Frustratometer configuracional.
- Frustratometer mutacional.
- Selección de residuos críticos.
- Estudio de blancos terapétuticos.
- Obtener Datos Genómicos de Mutaciones.
- Identificar la región del gen (coordenadas genómicas).
- Descarga del Archivo VCF.
- Anotación funcional de un archivo VCF.
- Modelo Estructural del Blanco Terapéutico.
- Mapeo de Mutaciones en la Estructura.
- Anotar variantes con bases de datos funcionales.
- Evaluar el impacto estructural de las mutaciones.
- Evaluar los cambios de estabilidad con FoldX.
Modalidad del curso
Cursos teórico-práctico a tu ritmo
Video-tutoriales y otros recursos
Aprenderás +8 horas de video tutoriales grabados, lecturas, plantillas y ejercicios.
Acceso inmediato e ilimitado
Las clases no tienen vencimiento. Podrás cursar a tu ritmo y sin límites.
Soporte de especialistas
Nuestro equipo te ayudará a poner en práctica las lecciones.
Certificado
Podrás obtener un certificado de participación a tu nombre.
Requisitos previos
Los participantes deberán tener conocimientos en técnicas NGS, control de calidad y alineación con un genoma de referencia. Los participantes deben tener conocimientos básicos sobre cómo trabajar con herramientas de línea de comandos en sistemas basados en Unix. Puedes poner a prueba tus habilidades con Unix con el cuestionario aquí . Si no se siente cómodo con los comandos de UNIX, realice nuestro módulo de aprendizaje electrónico sobre fundamentos de Unix .
Los participantes deberán disponer de sus propios ordenadores.
Preguntas
Frecuentes
No, no necesitás tener ningún conocimiento previo para realizar las tareas de este curso. Únicamente una computadora con acceso a Internet.
Por una cuestión de derechos al autor no podrás descargar los vídeos, pero siempre podrás acceder a las lecciones desde cualquier dispositivo con conexión a Internet.
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